L'Istituto nasce come sede coordinata dell'Istituto Professionale di Stato per il Commercio "Don Minzoni" di Giugliano in Campania, per far fronte alle esigenze formative dei giovani di un ampio territorio collocato a Nord di Napoli,
Dal 1 settembre 1989 esso opera come Istituto Professionale di Stato per il Commercio e il Turismo di Afragola, a seguito dell'intervenuto decreto istitutivo di autonomia da parte del Ministero della Pubblica Istruzione - Direzione generale dell'Istruzione Professionale.
Dal marzo 2002 l’istituto ha assunto la denominazione I.P.S.S.C.T. “Sandro Pertini”.
Dall’anno scolastico 2010/2011 l’istituto si è trasformato in Istituto Superiore, accogliendo accanto all’istruzione professionale quella tecnica e, dal 2011/2012 anche quella liceale.
L' I.S. “S. Pertini” di Afragola opera in una struttura moderna ed accogliente.
L’edificio si disloca su tre piani: un primo e un secondo piano su quello rialzato. Conta 47 aule didattiche (digitali con LIM), 4 laboratori, un’Aula Magna, un ampio auditorium, una biblioteca e una palestra coperta.
- La palestra interna vanta notevoli dimensioni: è dotata di adeguati arredi ginnico - sportivi e di adeguate rampe d’accesso riservate ai fruitori diversamente abili, tale da configurarsi come un vero e proprio palazzetto dello sport. E’ integrata da un complesso di strutture esterne (campo da tennis, da attrezzature, spazio per il salto in lungo e per il lancio del peso)
- L'Auditorium è dotato di un adeguato impianto microfonico e di diffusione sonora, l’ampiezza e la fruibilità degli spazi lo rendono, dunque, idoneo a varie attività di carattere aggregativo ivi comprese quelle relative a eventuali progetti attinenti alla L.R. n°39/85.
- La Biblioteca è, al momento, adeguatamente fornita di testi di varia cultura, di riviste e di testi di cultura specifica e specializzata. Tuttavia necessita di un ulteriore arricchimento, sulla base di una programmazione mirata, che offra agli studenti e ai docenti gli strumenti necessari per la ricerca, per l'ampliamento e l'approfondimento culturali e per l'aggiornamento professionale.